Prof. Pempkowiak studiował chemię (specjalizacja technologia chemiczna) na Wydziale Chemicznym Politechniki Gdańskiej, gdzie w 1971 roku uzyskał tytuł magistra. W 1972 roku podjął pracę w Zakładzie Oceanologii (obecnie Instytut Oceanologii PAN) w Sopocie, gdzie rozpoczął zgłębianie zagadnień chemii morza. Pierwszy etap jego badań zaowocował doktoratem. Pracę pt. „Substancje humusowe w osadach dennych Bałtyku”, napisał pod kierunkiem prof. Gotfryda Kupryszewskiego, a następnie obronił na Wydziale Matematyki, Fizyki i Chemii Uniwersytetu Gdańskiego w 1978 roku. Spędził dwa lata na stażu podoktorskim w Morskim Instytucie Badawczym w Halifaksie (Kanada), po czym wrócił do IO PAN, gdzie zajmował się zagadnieniami związanymi z rolą substancji humusowych w ekosystemach morskich. Habilitował się w zakresie nauk przyrodniczych w 1989 roku na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Z czasem rozszerzył swoje zainteresowania o inne zagadnienia, takie jak: obecność metali i substancji organicznych pochodzenia naturalnego i antropogenicznego w wodzie morskiej i osadach dennych, wpływ substancji organicznych na właściwości wody morskiej, przemiany substancji organicznych we wczesnej diagenezie osadów dennych, biomarkery jako wskaźniki biologicznych skutków zanieczyszczeń środowiska czy wreszcie znaczenie substancji organicznych w technologii wody i odnowie wód. W ostatnich latach jego praca naukowa koncentrowała się na obiegu węgla w ekosystemach wodnych, aw szczególności na budżecie węglowym Morza Bałtyckiego.
Jego działalność nie ograniczała się jedynie do udanych wniosków projektowych, prac laboratoryjnych czy opieki nad doktorantami. Brał również udział w licznych rejsach naukowych na pokładzie r/v Oceania i innych statkach badawczych. W 1997 roku, po pomyślnym przejściu procedury na Wydziale Biologii, Geografii i Oceanologii Uniwersytetu Gdańskiego, w uznaniu jego wszechstronnej i wybitnej pracy został nadany mu przez Prezydenta RP tytuł profesora nauk o Ziemi. Profesor Pempkowiak nigdy nie pozwolił, by uzyskane przez niego wyniki zostały niejako zamknięte w szufladzie – zawsze chętnie dzielił się swoimi wynikami i osiągnięciami ze środowiskiem naukowym. Był autorem lub współautorem ponad stu artykułów naukowych w czasopismach o dużym wpływie, a także kilku książek i monografii, które do dziś stanowią ważne źródło wiedzy o problemach geochemii morza.
Dla Profesora Pempkowiaka bez wątpienia praca i nauka były niemal najważniejszymi rzeczami, ale był też kochającym i kochanym mężem, ojcem, typowym dziadkiem dumnym ze swoich wnuków, nie mówiąc już o aktywnym ogrodnictwie. Nie zapominajmy też o jego sportowych pasjach – tenisie i biegach przełajowych (inicjator mistrzostw IO PAN) oraz narciarstwie zjazdowym. Dla nas, pracowników Zakładu Chemii Morza IO PAN, na zawsze pozostanie w naszej pamięci jako niezapomniana postać, którą nazywaliśmy szefem, profesorem, a niektórzy po prostu Januszem.